民族学与人类学研究所设有民族理论研究室、社会文化人类学研究室、宗教文化研究室、民族历史研究室、南方民族语言研究室、北方民族语言研究室、语音学与计算语言学研究室、民族古文献研究室、世界民族研究室、经济与社会发展研究室、影视人类学研究室等11个研究所，以及《民族研究》编辑部、《世界民族》编辑部、《民族语文》编辑部、图书馆、网络信息中心等部门。出版公开刊物《民族研究》、《世界民族》和《民族语文》。
　　民族学与人类学研究所博士后流动站建立于1999年，现有博士后合作导师14人，具有博士后招收资格的一级学科有两个，分别为民族学和中国史，涵盖民族学和专门史两个二级学科。
　　民族学与人类学研究所博士后流动站是我国民族学专业学术影响最大、学科最齐全、导师力量最强的博士后流动站，因此吸引了大批相关专业优秀博士来站工作。建站以来，共招收博士后人员80名左右。这些博士后科研人员在站期间与导师开展了卓有成效的合作研究，完成了一批优秀的科研成果。大多数博士后人员出站以后，成为所在高校和科研单位的学术骨干。大多已担任博导、教授。
　　民族学与人类学研究所十分注重博士后学术活动，曾于2008年在京举办“中国民族与文化多样性博士后论坛”。
　　博士后流动站是我国民族问题领域科学研究和人才培养的一种新型方式，可以与博士研究生的培养和青年在职人员的科研体制形成互补的关系，是促进本学科学术发展和人才培养重要的途径。