日本研究所设有政治研究室、经济研究室、外交研究室、社会研究室、文化研究室等五个研究室，共有博士后合作导师三人。具有博士后招收资格的一级学科为政治学，二级学科为国际政治。公开出版刊物《日本学刊》。
　　日本研究所博士后流动站建立于2009年，是在中国社会科学院加快建设具有中国特色、中国风格、中国气派的哲学社会科学，实施哲学社会科学创新工程的新形势下建立的。时值中日关系起伏多变，国内日本研究蓬勃发展，研究意义高度凸显的重要时期，为推动对日问题研究和政策分析，引入新鲜血液进一步充实本所科研力量，所领导高度重视博士后站建设，坚持以培养具有国际视野、战略思维与持续学习能力的新型日本问题研究人才作为长期目标。
　　日本研究所2012年招收博士后入站后，严格督促其开展科研工作，参与对外学术交流。目前在站博士后发表学术专著一本，参加国内及院内学术交流六次，在国际时事类报纸及杂志发表报告、评论超过15篇，科研工作进展良好。年轻的日本所博士后流动站期待着在日本研究，乃至更大范围的国际关系研究领域迈出更大的前进步伐，贡献出更具价值的优秀成果。