金融研究所成立于2002年8月，2003年，金融研究所博士后流动站也正式成立。
　　为全面实现金融所“国内一流，世界知名”的办所目标，金融研究所把博士后流动站作为研究所选拔科研人才的重要渠道。博士后招收工作伊始，政府部门、金融界、国内著名高校的毕业生和骨干，以及在海外留学归国人员和在海外机构任职的华人纷纷向金融所提出做博士后研究的申请。金融所建所十年来，博士后工作迅速发展，共招收博士后研究人员272人。其中，国家资助博士后16人、留学博士后三人、企业联合博士后128人、自筹经费和项目博士后125人。
　　在出站博士后中，有的在政府部门、“一行三会”和金融机构中任职，有的成为高校骨干教师和科研机构学术带头人，还有的自己创业并取得卓越成就。博士后出站后留所工作并成为研究所科研核心力量的有九人，占全所研究人员总数的五分之一。其中，担任所局领导两人，担任研究室主任三人；聘为研究员五人，副研究员四人。
　　十年来，研究所博士后研究队伍不断扩大，平均每年在站博士后30人。在教学相长的同时，也培养了一批年轻的博士后合作导师，现有合作导师13人。在2010年全国博士后工作评估中，金融所应用经济学博士后流动站荣获“全国优秀博士后科研流动站”称号。