工业经济研究所于1995年开始设立博士后流动站，同年开始招收第一批博士后研究人员。流动站设有两个一级学科，分别为应用经济学和工商管理，涵盖的二级学科分别为产业经济和企业管理。工经所博士后流动站现有博士后合作导师17人，包括三位学部委员。
　　流动站建站至今累计招收博士后研究人员117人，其中大部分来自全国各地高校和科研院所。同时，还与招商局集团、南京医药公司、攀枝花钢铁集团、长沙中联重工集团公司等多家大型企业单位联合招收培养了25名企业博士后科研人员。截至目前，已培养出70余位博士后研究人员，他们在站期间均取得了出色的研究成果，出站后大多数人成为所在单位的科研骨干和学术带头人，已有多人成为享受“政府特殊津贴”专家、入选“新世纪百千万人才工程”国家级人选，荣获“教育部长江学者特聘教授”等称号。其中七人留所工作，目前均已成为活跃在工经所科研第一线的业务骨干。
　　工业经济研究所充分发挥本所经济学和管理学学科优势，本着“有利于博士后人员实践成才，有利于促进所内科研工作”的双有制原则，根据博士后科研人员的实际情况，合理安排课题，配置学术资源，充分调动博士后人员的积极性，鼓励博士后人员广泛参加所内的科研课题研究、参加学术交流和跨学科研究，鼓励博士后积极进行博士后科学基金资助的申报。在近几年中，流动站共有30人次获得中国博士后科学基金资助，基金资助总额达148万。在2010年 “全国博士后工作评估”中，工经所应用经济学博士后流动站荣获“全国优秀博士后科研流动站”称号。
　　研究所十分重视博士后流动站的建设，对流动站管理不断进行改进和加强，制定了一系列管理制度和优惠政策，最大限度地为博士后创造良好的科研、学习和生活条件，加强博士后的中期考核和出站考评，定期组织学术交流活动、联谊活动和国情考察，丰富了博士后的生活。2010年4月，由所领导亲自带队组织在站博士后和部分合作导师到江西井冈山和福建进行了考察活动；2011年7月，流动站组织在站博士后赴天津地铁施工地下直径线工地参观，并就具体工作情况、技术创新、环境保护等问题与项目组工作人员进行了沟通和交流。
　　十几年来的发展实践表明，工经所博士后流动站的建设，既推动了研究所学术交流和学科建设发展，也促进了社会科学领域高级人才的培养和流动，使科研队伍能始终保持旺盛的活力。研究所与企业博士后工作站联合招收的博士后，为所在企业提供了多项具有较高学术价值和实际应用价值的报告，完成了数十项对企业长远发展具有重大意义的研究课题，为企业创造了良好的经济效益。工经所博士后流动站将进一步加强学科建设，完善博士后工作管理制度，加强博士后科研管理，为博士后研究人员创造更多更广的科研工作机会。进一步促进高级人才流动、学术交流，促进交叉学科发展，为社科领域高级人才的使用和培养发挥更大的作用。