经济研究所博士后流动站建立于1996年，是中国社会科学院较早建立博士后流动站的单位之一。流动站具有博士后招收资格的一级学科为理论经济学，涵盖政治经济学、西方经济学、中国经济史、经济思想史等四个二级学科。流动站共有博士后合作导师25人，自建站至今共招收博士后百余人，在站博士后近30人。
　　经济研究所充分发挥其在理论经济学研究中的优势，在博士后工作中逐步形成了注重基础理论研究与重大实际问题相结合的研究特色，积累了丰富的管理经验，在促进人才流动、培养高层次专门人才方面取得了突出成绩，为国家培养了一批优秀的科研人员。绝大多数出站博士后已成为单位的科研骨干和学术带头人，很多已成为国内外知名的专家，在学术界享有较高的声誉。博士后研究人员在经济研究所的科研活动中也发挥着越来越重要的作用，在我院全面实施哲学社会科学创新工程过程中，博士后研究人员将担负起更加重要的责任。
　　经济研究所领导十分重视博士后工作，由一名副所长主管博士后流动站工作，所人事处负责博士后流动站的日常管理工作。经济研究所不断强化博士后管理的制度建设，加强博士后的进站学术考核、中期考核和出站考评，大力规范博士后经费使用，鼓励博士后积极参加所内科研活动、学术交流活动，协助博士后做好中国博士后科学基金和国家社会科学基金的申报工作，为博士后创造良好的工作、学习氛围。在 2010年“全国博士后工作评估”中，经济研究所理论经济学博士后流动站荣获“全国优秀博士后科研流动站”称号。
　　经济研究所一贯重视基础经济理论研究与中国特色社会主义经济问题研究相结合，鼓励师生结合转变经济发展方式，研究产业结构调整、城乡居民收入分配、宏观调控和政策实施等重大理论问题和实际问题进行科学研究，积极为经济建设和社会发展提供理论保证和智力支持。先后与招商局等企业工作站联合招收博士后，培养了一批理论和实践密切结合的高层次科研人员。